Voor het gedeelte buiten de huidige bebouwde kom is een boomeffectanalyse (BEA) uitgevoerd. Deze is uitgevoerd op het moment dat er langs de Korte Muiderweg (buiten bebouwde kom) 80 bomen stonden.
Acht van deze 80 bomen zijn inmiddels gekapt ten behoeve van een toegang tot de Mijndenhof en toegang tot het bouwterrein. Uit de BEA is ook gekomen dat deze bomen als gevolg van het ontwerp moesten wijken. Voor de kap van deze bomen is destijds een vergunning verleend.
Op dit moment staan er 72 bomen langs de Korte Muiderweg in het gedeelte buiten de huidige bebouwde kom (4 stuks grondgebied Gooise Meren, 68 stuks grondgebied Amsterdam).
Uit de BEA blijkt een verwachte levensduur van de bomen en is een advies gegeven over het behouden of kappen van bomen. De nadrukkelijke wens van de gemeente is om zo veel mogelijk bomen te behouden. Om die reden is afgeweken van de adviezen uit de BEA (dus bomen waarbij het advies is ‘verwijderen vanwege kwaliteit’ worden niet per definitie gekapt). In plaats daarvan is gekeken hoe het ontwerp zo aangepast kan worden dat zo veel mogelijk bomen behouden kunnen blijven. Uit die aanpak blijkt dat 11 van de 68 bomen in elk geval gehandhaafd kunnen worden. Voor 38 van de 68 bomen is geconcludeerd dat deze als gevolg van het ontwerp niet behouden kunnen blijven. Voor 19 van de 68 bomen is geconcludeerd dat deze mogelijk behouden kunnen blijven als de uitvoeringswerkzaamheden niet leiden tot een dusdanige beschadiging van het wortelgestel van de boom dat het waarschijnlijk is dat de boom op korte termijn zal afsterven. Zekerheidshalve is voor 57 bomen een kapvergunning aangevraagd waarbij het doel is dat 19 bomen nog behouden kunnen blijven. Deze afweging zal tijdens de uitvoering ter plekke gemaakt worden in afstemming met een boomdeskundige. Deze aanpak is gekozen om zo veel mogelijk bomen te behouden.
In het gedeelte binnen de huidige bebouwde kom zijn geen bestaande bomen onderdeel van het projectgebied van de herontwikkeling van de Korte Muiderweg. Er worden geen bomen gekapt binnen de huidige bebouwde kom.